Voici la liste des épisodes de la saison 2.
- Le monstre du lac Nez
- Rencontre avec un ornithorynque
- Le petit bout du bout
- L'attaque d'une Candice de 50 pieds
- Jeux d'eau
- Le jour de la gelée vivante
- Élémentaire, ma chère Stacy
- Etranges disparitions
- Chez Perry l'ornithorynque
- L'instinct maternel
- Un jeu plus vrai que nature
- Les chroniques de Mip
- Thaddeus et Thor
- Le géant de l'aviation
- Faisons un quiz
- La taupe au nez étoilé
- Perry a disparu
- La laverie diabolique
- Cache-cache
- Croisière de rêve
- Les Baljeatles
- Le pizzazium infionite
- Perry l'ornithorynque contre Denis le lapin
- Journée au spa
- Un futur cauchemardesque
- Cliptastic
- Tourisme en bulle
- Isabella et le temple de la sève
- Candice déprime
- Les filles du coin du feu
- Le code d'honneur des brutes
- À la recherche de Mary la Gaffe
- Le phototransporteur
- Maudit concours...
- La technologie inversée
- L'Atlantide
- Phinéas et Ferb : Les vacances de noel
- À travers
- Le malbouffe-inateur
- Concours père-fille
- Un après-midi avec Suzy
- Mission d'infiltration
- La grande parade
- L'invasion des extra-terrestres
- Un tour de manège
- Le détecteur de vérité
- Commando démasquage
- Le géant-inateur
- Le rodéo de robots
- Les super-héros
- Mademoiselle le maire
- La citronnade
- Vacances Hawaïennes (Première partie)
- Vacances Hawaïennes (Seconde partie)
- Le juke-box géant
- La fête de Candice
- Phineas et Ferb: Le tour du monde en 1 jours
- Les effets speciaux
- Le magicien ose
- Ca, c'est un labyrinthe
- Max Modem
- L'art de diriger
- La face cachée de la lune
- Congé maladie
- Les montagnes russes, la comédie musicale